光子嫩膚的不良反應很少見，經驗豐富的醫生操作時不會發生不良反應。常見的不良反應包括紅腫、疼痛、干燥、爆痘、瘙癢、水皰、色沉、色脫和復黑。應該在治療前增強皮膚耐受性，治療后做好保濕防曬，避免暴曬。若出現不良反應，應根據情況采取不同的處理方法，可以使用皮秒、超皮秒激光、外用藥物等緩解癥狀，復黑需要長期的治療。